Considerando a necessidade de ter um curso superior reconhecido pelo MEC, por meio de uma parceria com a FACULDADE BATISTA BRASILEIRA – FBB, o CENTRO EDUCACIONAL THOMPSON – CET oferece a todos os pastores, missionários e educadores religiosos que têm diplomas de cursos livres a possibilidade de ter esse diploma reconhecido pelo Ministério da Educação e Cultura - MEC. A complementação compreende o acréscimo de mais 14 disciplinas, que acontecem no período de 13 meses, num sábado por mês. Desta forma a FBB reconhece o curso, capacitando o aluno a participar de concursos públicos e a exercer atividades docentes em escolas públicas e privadas.